El principal objetivo de Huella Chile es fomentar la gestión de GEI en organizaciones públicas y privadas para la mitigación de las emisiones totales de GEI del país. Adicionalmente, el programa busca:

• Difundir y capacitar a las organizaciones y a la ciudadanía sobre los efectos del cambio climático y la importancia que ellas tienen como agentes de cambio.
• Reconocer el esfuerzo y compromiso con el medio ambiente de las organizaciones participantes.
• Apoyar técnicamente la gestión de GEI, creando, disponiendo y transfiriendo capacidades técnicas para su mejora continua.
• Estandarizar especificaciones de contabilidad, cuantificación e informe de GEI.
• Establecer canales de difusión para el reporte voluntario y público de GEI.
• Fomentar el mercado de carbono a nivel nacional, mediante el incentivo a la adquisición de créditos de carbono de proyectos nacionales para la obtención del reconocimiento de neutralización.
• Sistematizar y registrar información sobre GEI a nivel nacional.